本作是nds《真·女神转生 奇幻之旅》的重制版,原作是“真·女神转生”系列的分支作品。原作游戏故事设定在21世纪初,南极出现了能让一切分子崩坏的亚空间。为了对应这一巨大危机,人类派出精英搭乘4艘调查船进入该空间。在那里,人类看到的是本属于神话传说的神魔鬼怪(就是“真·女神转生”系列的设定内容),而人类在这里发现了“恶魔召唤程序”,借此可以召唤使役恶魔,靠着它们的力量,人来在这里逐步展开了调查。
在游戏系统上,本作依然延续系列迷宫探索、恶魔交涉/合体的玩法,rpg式的战斗则围绕“命中敌人弱点→相同阵营的同伴追击”的核心展开。
《真·女神转生 深邃奇幻之旅》拥有极其豪华的声优阵容,包括:樱井孝宏、坂本真绫、潘惠美、子安武人、早见沙织、中村悠一等。本作将追加新结局、新角色,并收录全语音,支持随时存档。